Tentamen Sammanställning

  

Nedan kommer en sammanfattning av de tentamen som funnits vid tillfälle och vilka moment som de inkluderar. Överkorsande och återkommande moment sammanställs sedan kort efter det.

 

Gamla tentor

 

Sammanfattning av återkommande moment

 

Signalvägar

 

Triglycerider

• Det är så den mesta av vår energi är sparad
• 3 fettdelar
• 1 glycerol

3 steg för att användas:

1. Lipas bryter ner det till 3 fettsyror och glycerol (ut till blodomloppet)
2. Glycerol kan färdas i blodet då det är vattenlösligt, fett är inte. Därför måste det binda med serum Albumin.
3. Fett måste kopplas till och bilda Acyl-CoA för att sedan kunna ta sig in i mitokondri med hjälp av karnitin.

 

 

 

 

G-protein

Kolera påvekar G-kopplade protein receptorer (7TM är ett exempel, 7 Transmembran-receptor). Dessa är protein som binder GDP och byts mot GTP och för vidare signal vid ligand-inbindning. 

G-alpha kopplas från när ligand binder in. Som i sin tur aktiverar proteinet Ademylate Cyclase som frisätter cAMP och aktiverar Protein Kinase A. 

Det kolera gör är att stimulerar Alpha-enheten så att den inte går tillbaka, och därför fortsätter att bilda cAMP. Detta leder till att Protein Kinase A fortsätter stimuleras.

Normalt är där en timer, så den kan stänga av sig själv, från GTP till GDP i alpha-enheten.

Detta kinase som är aktiverat kommer påverka kanalerna för Na+ och Cl- och föra ut dem med gradifenten och ut ur cellen. Vatten kommer därför diffundera ut med detta och därför förlorar man elektrolyter och vatten!

 

 

Thyrosin protein kopplade receptorer

• Insulin går via detta.
• Alpha-enheten sitter på utsidan.
• Beta-enheten sitter på insidan.

Vid inbnidning av insulin i Alpha-enehten flyttar sig både alpha och beta närmare varandar och beta-enhetens svans kommer att gå in i varandra ficka. Därav kommer de att forsforylera varandra och aktivera varandra. Detta är alltså en dimer.

 

EGF-vägen:

 

  

Filament

Nuclear Lamina består av Intermediära fillament och dess funktioner är att ge makanisk support, regulera DNA replikation, cell delning och kromantin organisering. Vid celldelning måste kärnmembranet brytas ner så att centrosomer kan komma åt kromosomerna.

 

Cell junctions

Tight junctions hindrar rörelse av proteiner i membranet till att gå från Lumen/Utsidan/Apical till Insida/ECM/Basolateral sida.

  

DNA

• DNA är en dubbelhelix
• På utsidan har man socker och fosfat som binder ihop nukleotiderna
• Därför hamnar vätebindningarna och baserna skyddade i mitten från omgivningen
• Fosfordiesterbindningar binder samma nukleotiderna i ryggraden
• DNA är antiparallell, alltså går från 5' till 3' på ena sidan och 3' till 5' på andra.
• G - C har 3 vätebindningar (stabilare)
• G - C har 2 vätebindningar
• G, A = Puriner (två ringar)
• C, T = Pyridiner (en ring)

 

RNA

Pre mRNA genomgår 3 st posttranslationella modifieringar och dessa görs för att ta bort introner, och se till att den kan transporteras ut ur kärnan utan att brytas ner.

• Cap (trifosfat) sätts på i 5' änden.
• Poly-A tail - Massa AAA (200-250) sätts på i 3' änden
• Splicing - Exoner sätts ihop och Introner klipps bort av Spliceosome.

Efter detta kan ett komplett mRNA lämna kärnan och gå till Cytoplasman och sedan Ribosomerna för att bli protein.

Intro står för Intervening, alltså störande.

Ribosomer är gjorda av nukleotider och INTE aminosyror!

  

Splicing

Exon Skipping: This is the most common known gene splicing mechanism in which exon(s) are included or excluded from the final gene transcript leading to extended or shortened mRNA variants. The exons are the coding regions of a gene and are responsible for producing proteins that are utilized in various cell types for a number of functions.

Intron Retention: An event in which an intron is retained in the final transcript. In humans 2-5 % of the genes have been reported to retain introns. The gene splicing mechanism retains the non-coding (junk) portions of the gene and leads to a demornity in the protein structure and functionality. 

Alternative 3' Splice Site and 5' Splice Site: Alternative gene splicing includes joining of different 5' and 3' splice site. In this kind of gene splicing, two or more alternative 5' splice site compete for joining to two or more alternate 3' splice site.

 

Central dogma

DNA -> RNA -> Protein

 

Lymphocyte Aktivering

 

Membran - Micell och Lipid Bylayer

Miceller bildas när den amfifila molekylen har en enkel svans så att det enkelt kan trycka ihop sig.

Lipied Bilayer (som i cellmembran) uppstår när det är t.ex. triglycerider, alltså flera svansar på ett huvud

Det sker eftersom det blir en stabilisering. Vatten vill inte interagera med fett och därför omringas allt hydrofilt ut och hydrofobt in. Detta beror på poläriteterna, fett är opolärt. Londonkrafter håller sedan ihop fettet.

 

 

Ca2+ - Phosphoinosotide Signal Pathway

• 7TM protein
• Rör till G-protein komplex
• Får GDP att hoppa ut och GTP att hoppa in.
• Alpha-enheten (med GTP) hoppar vidare.
• Bindare in till Protein Phospholipase C som får PIP-3 att dela sig
• Denna delar sig till DAG och IP3
• DAG håller sig i membranet.
• IP3 går ner till ER och binder in mot jonkanaler som släpper ut Ca2+

Dessa Ca2+ gör 2 saker

1. Binder in ihop med DAG till kinas på membranet som kan leda till muskelkontraktion eller insläpp av glukos
2. Aktiverar ett protein (Calmodium) som aktiverar kinaser (Protein Kinase C)

 

 

  

2nd Messenger

Det är typiskt att någon ligand binder in till receptor på cellytan (G-protein eller Tyrosinkopplad) och då triggar en 2nd messenger (Ca2+, cAMP t.ex.) att aktivera kinaser och andra kaskader av effekter i cellen.

Med 2nd messenger kan man ha sparade (Ca2+ t.ex.) ligander och first messenger binder oftast till cellytan.

https://www.youtube.com/watch?v=jpimow0N0BU

 

Gentranskription - Promotors och terminators

På DNA finns där flera sätt att öka transkription av en viss gen:

TATA-box: Som finns precis innan generna gör det lättare för Polymerase att binda in( T-A är färra bindningar än G-C, 2 istället för 3 vätebindningar

CAAT-box: Finns liknande sekvenser och dessa underlättar också inbindning på DNA och genen.

Enhancers: Dessa kan finns både för och efter genen och binder in proteiner som väcker runt DNA och underlättar och attraherar Polymeras för att börja transkribera genen. 

Terminator är istället där man slutar läsa av genen. Detta kan vara en "hair pin", alltså en loop som gör det svårt för Polymerase att fortsätta läsa och därför avbryter. Kan även vara protein som binder in och gör det svårare, därmed avbryter.

 

DNA polymeras och strands

 

 

tRNA - Transcription and Translation

 

 

Glykolysen och Glykogeogenesen

 

Diffusion

Passiv Transport - Kostar ingen energi

• Diffusion
• Går rakt igenom
• Faciliterad Diffusion
• Kräver proteintransport

 

• Aktiv Transport - går mot gradienten
  • Primär aktiv --
    • kräver ATP
    • Na+ K+ pumpen t.ex.
    • Använder 3 K+ för att driva ut 2 Na+ ur cellen.
  • Sekundär aktiv
    • Kräver INTE ATP - Den går fram och tillbaka
    • Fungerar genom att man använder en annan t.ex. jon för att ta och byta ut samtidigt.
    • Kan vara genom att använda elektrogradienten

 

 

NADPH

NADPH is also used for anabolic pathways, such as lipid synthesis, cholesterol synthesis, and fatty acid chain elongation.

Samlat från Umeå

• Vad kan bli Pyrovat
• Laktat, Fosfoenolpyrovat (glukos), alanin
• Röda blodkroppar bildar laktat som sedan lämnar cellen och går till levern, där blir det glukos istälklet via glykoneogenesen och kan sedan gå tillbaka till röda kroppar.